國立中興大學--碩士班系所列表(57系所)
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園藝學系
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動物科學系
精密工程研究所
土壤環境科學系
生物產業機電工程學系
生物科技學研究所
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食品暨應用生物科技學系
行銷學系(原農產運銷學系)
生物產業暨城鄉資源管理學系
微生物暨公共衛生學研究所
獸醫病理生物學研究所
化學系
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物理學系
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機械工程學系
土木工程學系
環境工程學系
電機工程學系
化學工程學系
材料科學與工程學系
生命科學系
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生物化學研究所
獸醫學系
國際政治研究所
企業管理學系
生物醫學研究所
科技管理研究所
財務金融學系
社會科學暨管理學院高階經理人碩士在職專班
會計學系
生命科學院碩士在職專班
臺灣文學研究所
科技法律研究所
通訊工程研究所
光電工程研究所
國家政策與公共事務研究所
運動與健康管理研究所
教師專業發展研究所
生醫工程研究所
資訊網路與多媒體研究所
資訊管理學系
奈米科學研究所
統計學研究所
基因體暨生物資訊學研究所